Francis Gagnon débute l'étude de l'orgue classique à l’âge de 15 ans auprès de Jeannine Spronken à St-Hyacinthe, sa ville natale. Au cégep de Drummondville, il travaille l’instrument auprès de Paul Vigeant, poursuit l’apprentissage du saxophone et s'initie au piano jazz. Par la suite, il se perfectionne à l’université Laval en orgue classique sous la direction de Antoine Bouchard où il obtint un Baccalauréat ainsi qu’une Maitrise en interprétation. Récemment, il a complété un baccalauréat en Théologie pastorale à l’université de Sherbrooke.

En tant qu'organiste professionnel, il a participé à de nombreux concerts au Québec et il a la plaisir de faire quelques enregistrements pour la société Radio-Canada. Il a cumulé les postes d'organiste à l'église de St-Pie de Bagot, à Chalmers-Wesley United Church et Église Unie St-Pierre à Québec, à la paroisse suisse allemande Drummonville-Mauricie et il a été titulaire des grandes orgues à la Basilique St-Frédéric de Drummondville.

Depuis plus de 25 ans, Francis est professeur de musique au Cégep de Drummondville. Il partage sa passion dans divers cours : orgue, clavecin, ensemble baroque, harmonie au clavier, formation auditive, théorie et harmonie tonale. Depuis quelques années, il est responsable du Centre d'aide en musique (GAM).

Ouvert sur le monde et ayant à cœur la diversité culturelle sous toutes ses formes, Francis organise régulièrement des stages de coopération internationale avec des étudiants de différents programmes d’études du cégep. Haïti aura été sa première expérience d'entraide internationale. Depuis 2001, c'est au Sénégal qu'il réalise des projets de rencontres et de découvertes interculturelles. Au printemps 2015, il a réalisé avec ses étudiants un stage de perfectionnement en musique africaine.