Hughes Gagnon a commencé l’étude de la guitare auprès de Jean-Paul Rajotte à l’École Supérieure de Musique de Nicolet. Il obtint par la suite un baccalauréat en interprétation sous la supervision du maître Alvaro Pierri à l’Université du Québec à Montréal et également une maîtrise en interprétation de l’Université de Montréal où il a étudié avec Peter McCutcheon.

Entre temps, il compléta un certificat en pédagogie musicale à l’Université du Québec à Trois-Rivières. On a pu entendre Hughes Gagnon à la radio de Radio-Canada et dans différentes salles de concert au Québec, que ce soit en solo ou en musique de chambre. Préférant de loin ce dernier style de musique, il a formé deux duos : l’un avec le guitariste Blaise Laflamme (Duo Gagnon-Laflamme) et l'autre avec la violoniste Natalia Kononova (Duo Les cordes à danser) avec lesquels il aborde un répertoire de différentes époques.

Il a été également directeur artistique du concours provincial Guitare-Drummond de1999 à 2006 et est invité comme membre de jury à la classe de guitare de l’Université du Québec à Montréal et dans différents concours de musique.

Hughes Gagnon enseigne la guitare et la musique de chambre au Cégep de Drummondville depuis 1995 et est coordonnateur du département et du programme préuniversitaire en musique depuis 2015 .